발굴조사의 종류에는 정밀발굴조사⋅시굴조사⋅표본조사 등이 있으며, 일반적으로 시굴조사 또는 표본조사를 실시한 이후에 이를 토대로 정밀발굴조사를 실시한다. 정밀발굴조사와 시굴조사는 문화재청의 허가를 받아 실시하여야 하며, 규모가 크거나 중요한 유적의 경우에는 문화재위원회의 심의를 거쳐 허가여부가 결정된다. 표본조사의 경우에는 문화재청에 허가를 받지 않고 매장문화재의 종류 및 분포 등을 표본적으로 조사한 후 그 결과를 문화재청에 보고한다.
발굴기간은 조사기관에서 유적의 성격과 조사대상면적에 따라 산정하므로, 조사기관이 선정된 후에 구체적인 협의를 통해 산정이 가능하다.
조사용역대가의 기준을 토대로 조사기관에서 산출하며, 사업시행자와 조사기관간의 용역계약에 의해 결정된다. 발굴비용은 유적의 성격에 따라 차이가 있으며, 세부사항은 조사기관과 협의하여야 한다.
지표조사 결과 또는 그 밖의 사유로 인하여 발굴조사를 실시하라는 문화재청의 보존 조치 내용을 첨부하여 조사의뢰를 하면 조속히 처리된다.
자세한 사항은 다음의<발굴조사의 방법 및 절차 등에 관한 규정>을 참고하면 된다.